Table des matières
- Introduction
- 1. Introduction
- 2. À qui s’adresse ce livre ?
- 3. Pourquoi les ontologies ?
- 4. Pourquoi Python ?
- 5. Pourquoi Owlready ?
- 6. Plan du livre
- 7. Remerciements
- Le langage Python : adoptez un serpent !
- 1. Introduction
- 2. Installer Python
- 3. Démarrer Python
- 4. Syntaxe
- 4.1 Commentaires
- 4.2 Écrire à l’écran
- 4.3 Aide
- 4.4 Variables
- 4.5 Indentation
- 5. Principaux types de données
- 5.1 Les nombres entiers (int) et réels (flottant, float)
- 5.2 Les booléens (bool)
- 5.3 Les chaînes de caractères (str)
- 5.4 Les listes (list)
- 5.5 Les tuples (n-uplet, tuple)
- 5.6 Les dictionnaires (dict et defaultdict)
- 5.7 Les ensembles (set)
- 5.8 Les fichiers (open)
- 5.9 Conversion entre types de données
- 6. Conditions (if)
- 7. Boucles (for)
- 8. Les générateurs
- 9. Fonctions (def)
- 10. Classes (class)
- 10.1 Classes et instances
- 10.2 Héritage
- 10.3 Méthodes spéciales
- 10.4 Fonctions et opérateurs pour la programmation objet
- 11. Modules Python
- 11.1 Importer un module
- 11.2 Installer des modules supplémentaires
- 11.3 Installer Owlready2
- Les ontologies OWL
- 1. Introduction
- 2. Une ontologie… ça ressemble à quoi ?
- 3. Créer des ontologies manuellement avec Protégé
- 4. Exemple : une ontologie des bactéries
- 5. Créer une ontologie
- 5.1 Classes
- 5.2 Disjonctions
- 5.3 Partitions
- 5.4 Propriétés de données (DataProperties)
- 5.5 Propriétés objet (ObjectProperties)
- 5.6 Restrictions
- 5.7 Union, intersection et complément
- 5.8 Définitions (ou équivalences)
- 5.9 Autres constructeurs
- 5.10 Individus
- 6. Raisonnement automatique
- 7. Exercices de modélisation
- Accéder aux ontologies en Python
- 1. Introduction
- 2. Importer Owlready
- 3. Charger une ontologie
- 4. Ontologies importées
- 5. Parcourir le contenu de l’ontologie
- 6. Accéder aux entités
- 6.1 Individus
- 6.2 Relations
- 6.2.1 Classes
- 6.3 Restrictions existentielles
- 6.4 Propriétés
- 7. Rechercher des entités
- 8. Ontologie volumineuse et cache disque
- 9. Espaces de nommage
- 10. Modifier le rendu des entités
- 11. Répertoire local d’ontologies
- 12. Recharger une ontologie dans le quadstore
- 13. Exemple : créer un site web dynamique à partir d’une ontologie
- Créer et modifier des ontologies en Python
- 1. Introduction
- 2. Créer une ontologie vide
- 3. Créer des classes
- 3.1 Créer des classes dynamiquement
- 4. Créer des propriétés
- 5. Créer des individus
- 6. Modifier des entités : relations et restrictions existentielles
- 7. Créer des entités dans un espace de nommage
- 8. Renommer des entités
- 9. Définitions multiples et déclarations anticipées
- 10. Supprimer des entités
- 11. Supprimer une ontologie
- 12. Enregistrer une ontologie
- 13. Importer des ontologies
- 14. Synchronisation
- 15. Exemple: peupler une ontologie à partir d’un fichier CSV
- 15.1 Peuplement par des individus
- 15.2 Peuplement par des classes
- Constructeurs et restrictions, propriétés de classes
- 1. Introduction
- 2. Créer des constructeurs
- 3. Accéder aux paramètres des constructeurs
- 4. Restrictions comme propriétés de classe
- 5. Classes définies
- 6. Exemple : créer l’ontologie des bactéries en Python
- 7. Exemple : peupler une ontologie avec des classes définies
- 7.1 Peuplement en utilisant les propriétés de classe
- 7.2 Peuplement en utilisant les constructeurs
- Raisonnement automatique
- 1. Introduction
- 2. Disjonctions
- 3. Raisonnement en monde ouvert
- 4. Raisonnement en monde fermé ou en monde fermé local
- 5. Classes et ontologies inconsistantes
- 6. Restriction et raisonnement sur les nombres et les chaînes de caractères
- 7. Règles SWRL
- 7.1 La syntaxe SWRL
- 7.2 Règles SWRL avec Protégé
- 7.3 Règles SWRL avec Owlready
- 7.4 Limites des règles SWRL
- 8. Exemple : système d’aide à la décision à base d’ontologie
- Gestion du texte : annotations, langue, recherche
- 1. Introduction
- 2. Annoter les entités
- 3. Textes multilingues
- 4. Annoter les constructeurs
- 5. Annoter les propriétés et les relations
- 6. Créer de nouvelles classes d’annotations
- 7. Métadonnées de l’ontologie
- 8. Recherche plein texte
- 9. Exemple : utiliser DBpedia en Python
- 9.1 Charger DBpedia
- 9.2 Un moteur de recherche pour DBpedia
- Accéder aux terminologies médicales et à UMLS
- 1. Introduction
- 2. UMLS
- 3. Importer des terminologies à partir d’UMLS
- 4. Importer la CIM10 en français
- 5. Charger les terminologies après importation
- 6. Utiliser la CIM10 (ICD10)
- 7. Utiliser la SNOMED CT
- 8. Utiliser les concepts unifiés (CUI) d’UMLS
- 9. Transcoder entre terminologies
- 10. Manipuler des ensembles de concepts
- 11. Importer toutes les terminologies d’UMLS
- 12. Exemple : relier l’ontologie des bactéries à UMLS
- 13. Exemple : un navigateur multiterminologique
- Mixer Python et OWL
- 1. Introduction
- 2. Ajouter des méthodes Python aux classes OWL
- 3. Associer un module Python à une ontologie
- 3.1 Import manuel
- 3.2 Import automatique
- 4. Polymorphisme sur inférence de type
- 5. Introspection
- 6. Inverser les restrictions
- 7. Exemple : utiliser Gene Ontology et gérer les relations « partie-de »
- 8. Exemple : un « site de rencontre » pour les protéines
- Travailler avec les triplets RDF et les mondes
- 1. Introduction
- 2. Les triplets RDF
- 3. Manipuler les triplets RDF avec RDFlib
- 3.1 Accéder aux triplets RDF
- 3.2 Créer des triplets RDF via RDFlib
- 3.3 Supprimer des triplets RDF via RDFlib
- 4. Effectuer des requêtes SPARQL
- 4.1 Recherche avec SPARQL
- 4.2 Préfixes SPARQL
- 4.3 Création de triplets avec SPARQL
- 4.4 Suppression de triplets avec SPARQL
- 5. Accéder aux triplets RDF via Owlready
- 6. Interroger directement la base de données SQLite3
- 7. Créer plusieurs mondes isolés
- Annexes
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